Nom vernaculaire/local | Dénomination scientifique | Bassins versants naturelsa | Statut de menaceb | | | | | Acipenseridae: |
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| Esturgeon atlantique | Acipenser sturio | Haut-Rhin | 0, S | Anguillidae: | | | | Anguille | Anguilla anguilla | Rhin, Rhône, Doubs, Tessin | 1 | Blenniidae: |
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| Blennie fluviatile | Salaria fluviatilis | Tessin | 3, E | Clupeidae: |
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| Agone | Alosa agone | Tessin | 3, E | Grande alose | Alosa alosa | Haut-Rhin | 0, E | Cheppia | Alosa fallax | Tessin | DI, E | Cobitidae: |
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| Cobite italiano | Cobitis bilineata | Tessin | 2 | Loche de rivière | Cobitis taenia | Rhin | DI, E | Loche d’étang | Misgurnus fossilis | Rhin (Région de Bâle) | 0, E | Cobite mascherato | Sabanejewia larvata | Tessin | 1 | Coregonidae: |
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| Corégones (tous les taxa) | Coregonus spp. | Spécifique à chaque lac | 4, E | Cottidae: |
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| Chabot | Cottus gobio | Rhin, Rhône, Doubs, Tessin, Inn | 4 | Cyprinidae: |
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| Brème franche | Abramis brama | Rhin, Rhône, Doubs | NM | Spirlin | Alburnoides bipunctatus | Rhin, Rhône, Doubs | 3, E | Ablette | Alburnus alburnus | Rhin, Rhône, Doubs | NM | Alborella | Alburnus arborella | Tessin | 1, E | Barbeau | Barbus barbus | Rhin, Rhône, Doubs | 4 | Barbo canino | Barbus caninus | Tessin | 3 | Barbo | Barbus plebejus | Tessin | 3, E | Brème bordelière | Blicca bjoerkna | Rhin | 4 | Nase | Chondrostoma nasus | Rhin | 1, E | Savetta | Chondrostoma soetta | Tessin | 1, E | Carpe | Cyprinus carpio | Rhin, Rhône, Doubs, Tessin | 4 | Goujon | Gobio gobio | Rhin, Rhône, Doubs, Tessin | NM | Gobio du Danube | Gobio obtusirostris | Lac Constance | DI | Able de Stymphale | Leucaspius delineatus | Rhin | 3, E | Vandoise | Leuciscus leuciscus | Rhin, Rhône, Doubs | NM | Soiffe, Sofie | Parachondrostoma toxostoma | Doubs | 1, E | Sanguinerola italiana | Phoxinus lumaireul | Tessin | 3 | Vairon | Phoxinus phoxinus | Rhin, Rhône, Doubs, Inn | NM | Bouvière | Rhodeus amarus | Rhin | 2, E | Gobione italiano | Romanogobio benacensis | Tessin | DI | Triotto | Rutilus aula | Tessin | 1 | Pigo | Rutilus pigus | Tessin | 1, E | Gardon | Rutilus rutilus | Rhin, Rhône, Doubs | NM | Rotengle | Scardinius erythrophthalmus | Rhin, Rhône, Doubs, Inn | NM | Scardola italiana | Scardinius hesperidicus | Tessin | 3 | Chevaine | Squalius cephalus | Rhin, Rhône, Doubs | NM | Cavedano italiano | Squalius squalus | Tessin | 3 | Strigione | Telestes muticellus | Tessin | 4, E | Blageon | Telestes souffia | Rhin, Rhône, Doubs | 3, E | Tanche | Tinca tinca | Rhin, Rhône, Doubs, Tessin, Inn | NM | Esocidae: |
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| Brochet du sud des Alpes | Esox cisalpinus | Tessin | DI | Brochet | Esox lucius | Rhin, Rhône, Doubs, Tessin, Inn | NM | Gasterosteidae: |
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| Épinoche | Gasterosteus gymnurus | Rhin (région de Bâle), lac Majeur | 4 | Gobiidae: |
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| Ghiozzo | Padogobius bonelli | Tessin | 2, E | Lotidae: |
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| Lotte | Lota lota | Rhin, Rhône, Tessin | NM | Nemacheilidae: |
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| Loche franche | Barbatula barbatula | Rhin, Rhône, Doubs, Inn | 4 | Percidae: |
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| Grémille | Gymnocephalus cernua | Rhin, Rhône | NM | Perche | Perca fluviatilis | Rhin, Rhône, Doubs, Tessin, Inn | NM | Apron, Roi du Doubs | Zingel asper | Doubs | 1, S | Petromyzontidae: |
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| Lamproie de rivière | Lampetra fluviatilis | Haut-Rhin | 0, E | Petite lamproie | Lampetra planeri | Rhin, Doubs | 2, E | Piccola lampreda | Lampetra zanandreai | Tessin | 1, E | Lamproie marine | Petromyzon marinus | Haut-Rhin | 0 | Salmonidae: | | | | Huchon | Hucho hucho | Inn | 0, E | Truite adriatique | Salmo cenerinus | Tessin | 1 | Truite danubienne | Salmo labrax | Inn | 1 | Truite marbrée | Salmo marmoratus | Tessin | 1 | Truite zébrée | Salmo rhodanensis | Doubs | 2 | Saumon | Salmo salar | Haut-Rhin | 0, E | Truite atlantique | | | | - de rivière
| Salmo trutta | Rhin, Rhône, Inn | 4 | - de grand cours d’eau
| Salmo trutta | Spécifique à chaque grand cours d’eau | 2 | - lacustre
| Salmo trutta | Spécifique à chaque lac | 2 | - de mer
| Salmo trutta | Rhin | 0 | Jaunet | Salvelinus neocomensis | Lac de Neuchâtel | 0 | Tiefseesaibling | Salvelinus profundus | Lac de Constance | 1 | Omble-chevalier | Salvelinus umbla | Spécifique à chaque lac | 3 | | | | | Siluridae: |
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| Silure glâne | Silurus glanis | Haut-Rhin, Aar, lacs au pied du Jura, Lac de Constance | NM, E | Thymallidae: |
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| Ombre du sud des Alpes | Thymallus aeliani | Tessin | 1 | Ombre de rivière | Thymallus thymallus | Rhin, Rhône, Doubs, Inn | 2, E | Astacidae: |
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| Écrevisse à pattes rouges | Astacus astacus | Rhin, Rhône, Doubs, Inn | 3, E | Écrevisse italienne | Austropotamobius italicus | Rhin, Rhône, Tessin | 1 | Écrevisse à pattes blanches | Austropotamobius pallipes | Rhin, Rhône, Doubs, Tessin | 2, E | Écrevisse des torrents | Austropotamobius torrentium | Rhin | 2, E | - a
- Les indications «Rhin», «Rhône», «Doubs», «Tessin» et «Inn» se réfèrent aux bassins versants suisses des cours d’eau mentionnés. Les bassins versants de l’Adda et de l’Adige ne sont pas mentionnés séparément, mais sont compris sous «Tessin».
| - b
- Statut de menace de l’espèce: 0 = éteinte, 1 = menacée d’extinction, 2 = fortement menacée, 3 = menacée, 4 = potentiellement menacée, NM = non menacée, DI = données insuffisantes, E = protégée à l’échelle européenne selon la Convention de Berne, S = strictement protégée à l’échelle européenne selon la Convention de Berne.
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